Der Kronberg war in früheren Zeiten dicht mit Holz bewachsen. An der Stelle der heutigen Kirche stand der Überlieferung nach zunächst eine alte, große Eiche. Als ein Sturm diese umriss, wurde an ihrer Stelle in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts eine Linde eingesetzt und an diese ein Marienbild angebracht. Schon bald wurden Gebetserhörungen und Heilungen berichtet, so dass immer mehr Menschen dorthin pilgerten; nicht zuletzt, weil der wichtige Weg nach Vilshofen daran vorbei zog und der Standort zum Verweilen und Betrachten einlud.
Die Spenden der Pilger ermöglichten im Jahr 1686 den Bau einer ersten Holzkapelle, die in kurzer Zeit mit Bildern ausgestattet war. Von einem dankbaren Wallfahrer wurde der Kapelle eine Kopie des Gnadenbildes "Maria Schutz", welches seit Mitte des 16. Jahrhunderts im damaligen Passauer Benediktinerinnenkloster Niedernburg verehrt wurde, geschenkt, das der Wallfahrt dann den Namen gab.
Seit dem 17. Jahrhundert hat es auf dem Kronberg mehrere Kapellen gegeben, zumeist schlichte Bauten aus Holz. Der jetzige Bau wurde im Jahr 1847 begonnen und am 1. Mai 1852 feierlich eingeweiht. Im Geist der Zeit wurde eine neogotische Kirche mit einheitlicher äußerer Erscheinung und Innenausstattung geschaffen. Der Hl. Bruder Konrad aus Parzham, geboren am 22.12.1818, war ein eifriger Besucher der Kronberg-Kirche. Nach mündlichen Überlieferungen nahm er dort zweimal pro Woche an der Frühmesse teil.
Im Laufe der Zeit wurde bei verschiedenen Renovierungen die Kirche z.T. erheblich verändert, vor allem nach dem Einsturz des ursprünglichen Gewölbes 1966, bei dem auch das gestiftete Altarbild verloren ging. Von 1983 bis 1985 wurde die letzte große Maßnahme durchgeführt. Dabei wurde nach einer Grundsanierung der dokumentierte Originalzustand der Kirche weitgehend wiederherzustellen versucht. Die helle, leichte Stimmung der Kirche wird durch die zarte Ausmalung mit Rosen und Lilien und die Glasgemälde im Chor bestimmt. Beachtenswert ist darüber hinaus das harmonische Netzrippengewölbe, dessen spezielle Konstruktionsweise bei der Renovierung nachvollzogen werden konnte und die elegante Linienführung des Baus ermöglicht.
