Flüchtlinge haben die Evangelischen ins Land gebracht. Insgesamt knapp 1000 Heimatvertriebene evangelisch-lutherischer Konfession hatten nach dem Zweiten Weltkrieg Aufnahme gefunden. Was jedoch im erzkatholischen Rottal fehlte, war ein Zentrum zur Religionsausübung der Protestanten, denen die katholische Pfarrei schließlich die Kronbergkapelle zur Verfügung stellte. Obwohl sich die Evangelische Gemeinde unter Maria Schutz - so heißt die Widmung der Wallfahrtskirche am Kronberg - sehr wohlgefühlt hat und heute noch für das dort gewährte Gastrecht dankbar ist, reifte immer mehr der Wunsch nach einem eigenen Gotteshaus. Warum letztlich dann doch der Bau im Süden der Stadt erfolgt ist, ist fraglich, aber die Einweihungszeremonie fand am 10. Mai 1959 statt. Ein Kuriosum bei der Kirchweih: Laut dem Programm hieß der damalige Dekan von Passau Griessbach. Er nahm zusammen mit dem Kreisdekan von Regensburg und damaligen Griesbacher Pfarrer Gunther Parche bei einem Gottesdienst, der über Lautsprecher ins Freie übertragen wurde, die Segnung des neuen Mittelpunkts der Johannesgemeinde vor.
